Hayvan ve Bitki

Hayvan ve bitki genomlarının dizilimi tür ve çeşitlerdeki farklılıkları anlamak için önemlidir. Popülasyon çalışmaları evrimsel analizler, yeni fonksiyonel genlerin ve genetik modifikasyonların tanımlanması için kullanılabilir.

• CDS, intron, intergenik bölgeler
• SNP, CNV, InDel, SV ve diğer varyasyonlar
• Yapısal farklılıklar ve genomik CNV’ler

1. Teknoloji

• Illumina NovaSeq 6000

2. Örnek – Soya fasulyesi genom boyu yeniden dizileme

Soya fasulyesi genomundaki genlerin tanımlanması soya fasulyesi ıslahında önemlidir. Bu çalışmada üç tip germplasm hattı seçilmiştir. Toplam 302 soya fasulyesi germplasm kaynağı 11X’ten büyük bir derinlikte dizilenmiştir.

Sonuçlar, soya fasulyesinin genetik polimorfizminin, aklimasyon ve gelişme sırasında önemli ölçüde azaldığını göstermiştir. Bu çalışma ile tohum büyüklüğü, tohum kabuğunun rengi, yağ içeriği ve diğer özellikler ile ilişkili bir dizi önemli bölge tanımlamıştır.

GWAS analizi sonucu soya fasulyesi genomik popülasyonunun bağlantı dengesizliğinin (LD) azalmasının gösterimi

Zhou Z, Jiang Y, et al., Resequencing 302 wild and cultivated accessions genes related to domestication and improvement in soybean. Nat Biotechnol.(2015),doi:10.1038/nbt.3096.